2009年2月26日，财政部、税务总局发文《财政部、税务总局关于公布若干废止和失效的增值税规范性文件目录的通知》（财税[2009]17号），这主要是根据修订后的《中华人民共和国增值税暂行条例》和《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》进行的清理。此次全文废止或失效文件14个，部分废止或失效文件7个。
　　一、全文废止或失效的文件（14件）
　　（一）《关于运输费用和废旧物资准予抵扣进项税额问题的通知》[（94）财税字第012号]
　　1、作废文件的主要内容：（1）对增值税一般纳税人外购货物（固定资产除外）所支付的运输费用，根据运费结算单据（普通发票）所列运费金额依10%的扣除率计算进项税额准予扣除，但随同运费支付的装卸费、保险费等其他杂费不得计算扣除进项税额。（2）从事废旧物资经营的增值税一般纳税人收购的废旧物资不能取得增值税专用发票的，根据经主管税务机关批准使用的收购凭证上注明的收购金额，依10%的扣除率计算进项税额予以扣除。（3）从1994年5月1日起执行。
　　2、《财政部、税务总局关于调整增值税运输费用扣除率的通知》（财税字[1998]114号）规定：经国务院批准，从1998年7月1日起，将增值税一般纳税人购进或销售应税货物支付的运输费用的扣除率由10%降低为7%。凡1998年7月1日以后申报抵扣的运输费用进项税额，不论运输发票何时开具，其所注明的运输费用是否已经支付，均按7%的扣除率计算进项税额。
　　3、取代者《关于再生资源增值税政策的通知》（财税[2008]157号文件）规定：自2009年1月1日起，取消"废旧物资回收经营单位销售其收购的废旧物资免征增值税"和"生产企业增值税一般纳税人购入废旧物资回收经营单位销售的废旧物资，可按废旧物资回收经营单位开具的由税务机关监制的普通发票上注明的金额，按10%计算抵扣进项税额"的政策。单位和个人销售再生资源，应当依照《中华人民共和国增值税暂行条例》（以下简称增值税条例）、《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》及财政部、税务总局的相关规定缴纳增值税。但个人（不含个体工商户）销售自己使用过的废旧物品免征增值税。增值税一般纳税人购进再生资源，应当凭取得的增值税条例及其细则规定的扣税凭证抵扣进项税额，原印有“废旧物资”字样的专用发票停止使用，不再作为增值税扣税凭证抵扣进项税额。在2010年底以前，对符合条件的增值税一般纳税人销售再生资源缴纳的增值税实行先征后退政策。对符合退税条件的纳税人2009年销售再生资源实现的增值税，按70%的比例退回给纳税人；对其2010年销售再生资源实现的增值税，按50%的比例退回给纳税人。
　　4、取代者《增值税暂行条例》第8条规定，购进或者销售货物以及在生产经营过程中支付运输费用的，按照运输费用结算单据上注明的运输费用金额和7%的扣除率计算的进项税额。进项税额=运输费用金额×扣除率。《增值税暂行条例实施细则》第18条规定，运输费用金额，是指运输费用结算单据上注明的运输费用（包括铁路临管线及铁路专线运输费用）、建设基金，不包括装卸费、保险费等其他杂费。
　　5、对企业的影响：（1）运费扣除率下降3%，直接影响企业的增值税进项税金抵扣，增加增值税税款的缴纳。（2）废旧物资经营单位销售废旧物资扣除率10%变为17%，对用废企业来说，进项税额的抵扣增加7%，是个大利好；而对废旧物资经营单位却由免税变为应税，税率为17%，虽然有增值税先征后返的新规定，毕竟是按70%、50%返还，增值税税负大为增加。
　　（二）《关于城镇公用事业附加应纳入增值税计税销售额征收增值税的通知》[财税字（1994）第035号]规定：对在价外与应征增值税的销售收入一并收取的城镇公共事业附加，亦应按照税法规定纳入增值税计税销售额征收增值税。
　　取代者《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》（中华人民共和国财政部税务总局令第50号）第十二条规定，条例第六条款所称价外费用，包括价外向购买方收取的手续费、补贴、基金、集资费、返还利润、奖励费、违约金、滞纳金、延期付款利息、赔偿金、代收款项、代垫款项、包装费、包装物租金、储备费、优质费、运输装卸费以及其他各种性质的价外收费。但下列项目不包括在内，同时符合以下条件代为收取的政府性基金或者行政事业性收费：1.由国务院或者财政部批准设立的政府性基金，由国务院或者省级人民政府及其财政、价格主管部门批准设立的行政事业性收费；2.收取时开具省级以上财政部门印制的财政票据；3.所收款项全额上缴财政。城镇公用事业附加属于此类。
　　对企业影响：相关企业的城镇公用事业附加不再征收增值税，将大大减轻企业的增值税税收负担，促进企业资金流转、扩大再生产以及更好更快的发展
　　（三）《关于对煤炭调整税率后征税及退还问题的通知》[（94）财税字第036号].（1）1994年4月27日，财政部、税务总局以（94）财税字第022号文件印发了《关于调整金属矿、非金属矿采选产品增值税税率的通知》规定，从1994年5月1日起，煤炭产品的增值税税率由17%调整为13%.
　　（2）取代者《财政部、税务总局关于金属矿非金属矿采选产品增值税税率的通知》（财税[2008]171号）规定，自2009年1月1日起，金属矿采选产品、非金属矿采选产品增值税税率由13%恢复到17%.本通知所称金属矿采选产品，包括黑色和有色金属矿采选产品；非金属矿采选产品，包括除金属矿采选产品以外的非金属矿采选产品、煤炭和盐。
　　3、企业的影响。这是与全国范围实施增值税转型改革相配套推出的政策。显然会增加相关企业的增值税税负4%，由于相关企业外购设备纳入进项税额的抵扣范围，整体税负将有所下降，为公平税负，规范税制，促进资源节约和综合利用，需要将金属矿、非金属矿采选产品的增值税税率恢复到17%.
　　（四）《关于加强商业环节增值税征收管理的通知》（财税字[1998]4号）
　　1、作废文件内容：因财务核算是否健全在实际操作中很难衡量和把握，大量的小型商业企业以财务核算健全为标准被认定为一般纳税人，增加了税收管理的难度。鉴于商业环节异常纳税申报绝大部分发生在小型商业企业的一般纳税人中，为便于征收管理，减少收入流失，主管税务机关应严格对一般纳税人的审查，对销售额达不到规定标准的小型商业企业原则上不要以财务核算健全为由认定为一般纳税人，而应按小规模纳税人征税。
　　2、取代者《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》（中华人民共和国财政部税务总局令第50号）第二十八条，暂行条例第十一条所称小规模纳税人的标准为：（一）从事货物生产或者提供应税劳务的纳税人，以及以从事货物生产或者提供应税劳务为主，并兼营货物批发或者零售的纳税人，年应征增值税销售额（以下简称应税销售额）在50万元以下（含本数，下同）的；（二）除本条款第（一）项规定以外的纳税人，年应税销售额在80万元以下的。本条款所称以从事货物生产或者提供应税劳务为主，是指纳税人的年货物生产或者提供应税劳务的销售额占年应税销售额的比重在50%以上。第二十九条，应税销售额超过小规模纳税人标准的其他个人按小规模纳税人纳税；非企业性单位、不经常发生应税行为的企业可选择按小规模纳税人纳税。

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