居民企业在中国境内跨地区（指跨省、自治区、直辖市和计划单列市，下同）设立不具有法人资格分支机构的，该居民企业为汇总纳税企业，企业所得税实行汇总纳税管理，即汇总纳税企业实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的企业所得税征收管理办法。具体征管按照税务总局关于印发《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》的公告（税务总局公告2012年第57号）有关规定执行。
　　居民企业在中国境内没有跨地区设立不具有法人资格分支机构，仅在同一省、自治区、直辖市和计划单列市内设立不具有法人资格分支机构的，其企业所得税征收管理办法，由各省、自治区、直辖市和计划单列市税务局、地方税务局参照2012年第57号公告规定联合制定。
　　1 应纳税额的计算需要注意的两个问题
　　1、一般计算方式
　　总机构分摊税款=汇总纳税企业当期应纳所得税额×50％
　　所有分支机构分摊税款总额=汇总纳税企业当期应纳所得税额×50％
　　某分支机构分摊税款=所有分支机构分摊税款总额×该分支机构分摊比例
　　某分支机构分摊比例=（该分支机构营业收入／各分支机构营业收入之和）×0.35+（该分支机构职工薪酬／各分支机构职工薪酬之和）×0.35+（该分支机构资产总额／各分支机构资产总额之和）×0.30
　　分支机构分摊比例按上述方法一经确定后，当年一般不作调整。
　　2、特殊情形
　　比如：总机构设在西部大开发税收优惠地区的企业，仅就设在优惠地区的总机构和分支机构（不含优惠地区外设立的二级分支机构在优惠地区内设立的三级以下分支机构）的所得确定适用15%优惠税率。总机构设在西部大开发税收优惠地区外的企业，其在优惠地区内设立的分支机构（不含仅在优惠地区内设立的三级以下分支机构），仅就该分支机构所得确定适用15％优惠税率。
　　因此，总分机构处于不同税率地区的，先由总机构统一计算全部应纳税所得额，然后按规定和经计算的分摊比例，计算划分不同税率地区机构的应纳税所得额，再分别按各自的适用税率计算应纳税额后加总计算出汇总纳税企业的应纳所得税总额，最后按规定和经计算的分摊比例，向总机构和分支机构分摊就地缴纳的企业所得税款。
　　2 关于预缴税款
　　汇总纳税企业应根据当期实际利润额，按照规定的分摊方法计算总机构和分支机构的企业所得税预缴额，分别由总机构和分支机构就地预缴；在规定期限内按实际利润额预缴有困难的，也可以按照上一年度应纳税所得额的1/12或1/4，按照规定的预缴分摊方法计算总机构和分支机构的企业所得税预缴额，分别由总机构和分支机构就地预缴。预缴方法一经确定，当年度不得变更。
　　需要注意的是建筑公司的项目部纳税问题
　　依据《税务总局关于跨地区经营建筑企业所得税征收管理问题的通知》（国税函〔2010〕156号）规定，建筑企业总机构直接管理的跨地区设立的项目部，应按项目实际经营收入的0.2%按月或按季由总机构向项目所在地预分企业所得税，并由项目部向所在地主管税务机关预缴。
　　建筑企业所属二级或二级以下分支机构直接管理的项目部（包括与项目部性质相同的工程指挥部、合同段等，下同）不就地预缴企业所得税，其经营收入、职工工资和资产总额应汇总到二级分支机构统一核算，由二级分支机构按照规定的办法预缴企业所得税。
　　总机构既有直接管理的跨地区项目部，又有跨地区二级分支机构的，先扣除已由项目部预缴的企业所得税后，再按照规定计算总、分支机构应缴纳的税款
　　3 关于汇算清缴
　　汇总纳税企业应当自年度终了之日起5个月内，由总机构汇总计算企业年度应纳所得税额，扣除总机构和各分支机构已预缴的税款，计算出应缴应退税款，按照规定的税款分摊方法计算总机构和分支机构的企业所得税应缴应退税款，分别由总机构和分支机构就地办理税款入库或退库。
　　汇总纳税企业在纳税年度内预缴企业所得税税款少于全年应缴企业所得税税款的，应在汇算清缴期内由总、分机构分别结清应缴的企业所得税税款；预缴税款超过应缴税款的，主管税务机关应及时按有关规定分别办理退税，或者经总、分机构同意后分别抵缴其下一年度应缴企业所得税税款。
　　注意：分支机构也需要报送企业所得税年度纳税申报表，格式参照企业所得税月(季)度预缴纳税申报表。同时需附送《中华人民共和国企业所得税汇总纳税分支机构分配表》。

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