根据《国务院办公厅关于全面治理拖欠农民工工资问题的意见》（国办发[2016]1号）和《保障农民工工资支付条例》规定，在工程建设领域，鼓励实行分包企业农民工工资委托施工总承包单位设立农民工工资专用账记直接代发的办法。
　　一、建筑工程项目的三种分类
　　根据建筑企业工程项目是否办理农民工工资专用账户和实名制管理进行分类，建筑企业可以分为以下三大类。
　　类建筑工程项目：既办理农民工工资专用账户又办理农民工实名制管理的项目。主要是房建工程和市政工程。
　　根据《建筑工人实名制管理办法（试行）》（建市【2019】18号）规定，建筑工人实名制管理办法适用于房屋建筑和市政基础设施工程。2020年5月1日实施的《保障农民工工资支付条例》规定，在建筑领域推行农民工工资专用账户管理，将农民工工资和非人工工程款分账管理。因此，房建筑工程和市政工程必须是既要办理农民工工资专用账户又要办理农民工实名制管理的工程项目。
　　第二类建筑工程项目：既不要办理农民工工资专用账户又不要办理农民工实名制管理的项目。主要是地下管道工程、煤矿建设工程、石油化工煤气建设工程、绿化工程、拆迁工程、爆破工程、家庭室内装修工程等，以及以下不需要办理《建筑工程施工许可证》的工程项目：工程投资额在30万元以下或者建筑面积在300平方米以下的建筑工程，文物保护的纪念建筑物和古建筑等的修缮，抢险救灾及其他临时性房屋建筑和农民自建低层住宅的建筑活动。
　　第三类建筑工程项目：必须要办理农民工工资专用账户但不要办理农民工实名制管理的项目。主要是交通工程、水利水电工程、电网工程。
　　从以上三类建筑工程项目的划分来看，建筑公司挂靠劳务公司开具发票主要适用于第二类、第三类建筑工程项目，类建筑工程项目完全不适用挂靠劳务公司开具发票入成本。
　　二、设立农民工工资专用账户的建筑企业总承包方与农民工签订劳动合同（适合类建筑施工项目）直接发放农民工工资的财税处理
　　1、农民工个税的扣缴义务人和申报缴纳地点
　　根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，设立农民工工资专用账户的建筑企业总承包方与农民工签订劳动合同（适合类建筑施工项目），则农民工与建筑企业构成雇佣与被雇佣的劳动关系。《中华人民共和国个人所得税法》第九条、《个人所得税扣缴申报管理办法（试行）》（税务总局公告2018年第61号）个人所得税以所得人为纳税人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人；扣缴义务人，是指向个人支付所得的单位或者个人，扣缴义务人向居民个人支付工资、薪金所得时，应当按照累计预扣法计算预扣税款，并按月办理扣缴申报。因此，如果建筑企业与农民工签订劳动合同，农民工的个人所得税的扣缴义务人是设立农民工工资专用账户的建筑企业总承包方。根据（税务总局2015年公告第52号文件）的规定，跨省、直辖市异地工程作业人员和本省跨市、县（区）工程作业人员，包括农民工的个人所得税申报缴纳地点在工程作业所在地税务机关。当然也有的地方税务局规定，本省跨市、县（区）工程作业人员包括农民工的个人所得税申报缴纳地点在建筑企业机构注册地税务机关。
　　2、农民工个税的征收方式：核定征收个人所得税和查账征收个人所得税
　　（1）种班组长和农民工个税的处理方法：核定征收工程项目部作业人员个人所得税。
　　如果劳务工程所在地税务主管部门针对跨省异地施工或省内异地施工的劳务公司按照劳务公司经营收入或劳务公司不含增值税的开票金额的一定比例，例如广东省、江苏省规定是0.4%，浙江省规定是0.5%，青岛市规定0.5%，湖北省规定0.6%，深圳市规定0.2%，代征工程项目的管理人员、技术人员和其他工作人员（包括农民工）的个人所得税，则劳务公司必须索取税务局开具的一份“中华人民共和国税收完税证明”，特别提醒：该“中华人民共和国税收完税证明”上的第二列“税种”栏填写“个人所得税”，第三列“品目名称”栏填写“工资薪金所得”字样，而不是填写“个人承包承租经营所得”字样。根据税务总局2015年公告第52号文件的规定，建筑企业在铜川公司注册地凭借农民工工地上真实的工资表（注意：不要都是每月每人5000元，而是如实的工资数额，必如：6000元，7000元，10000元）入工资成本，建筑企业总承包方不需要在工程所在地税务局通过个税申报系统进行全员全额申报农民工个人所得税。
　　特别温馨提示：工程所在地税务局代征工程项目部的管理人员、技术人员和其他工作人员（包括农民工）的个人所得税后，建筑企业和劳务公司的项目部班组长、项目负责人的工资在项目部发放，社保费用在铜川公司注册地缴纳，建筑公司总承包方不要单独在铜川公司注册地另行通过个税申报系统申报其个人所得税。
　　（2）第二种农民工个税的处理方法：查账征收农民工个人所得税（全员全额申报个人所得税）
　　如果工程项目所在地税务主管部门针对跨省异地施工或省内异地施工的建筑企业没有按照建筑企业经营收入不含增值税的开票金额的一定比例，代征工程项目的管理人员、技术人员和其他工作人员（包括农民工）的个人所得税，则建筑企业依照《中华人民共和国个人所得税法》和税务总局2015年公告第52号文件的规定，建筑企业必须对农民工的工资，在工程项目所在地的税务局通过个税申报系统实行全员全额预缴个人所得税。但是由于农民工流动频繁和工作时间长短不一样，有的工作1个月，2个月，6个月等就离开工地的实际情况，导致建筑企业实施农民工全员全额申报个人所得税工作的繁琐，因此，建议按照以下两种方法进行处理。
　　种农民工个税申报与劳动合同约定相匹配的处理方法。
　　如果农民工工资标准预计每月5000元以下的，则建筑企业与农民工签订劳动合同时，在劳动合同中“工资结算和支付”条款中约定：要么约定日工资制，要么约定计件工资制，建筑企业每月向工程所在地税务局，通过个税申报系统进行全员全额零申报农民工个人所得税。
　　第二农民工个税申报与劳动合同约定相匹配的处理方法。
　　如果农民工工资标准预计每月超过5000元以上，年收入低于12万元（含12万元）的，则实行“日工资制或计件工资制+绩效考核”的薪酬制度。即劳务公司与农民工签订劳动合同时，在劳动合同中“工资结算和支付”条款中约定：日工资或计件工资标准（每日或每件基本工资+每日或每件绩效考核奖），农民工工资由月基本工资和月绩效考核奖组成，每月由建筑企业通过农民工工资专用账户（第三类建筑项目）或由建筑企业通过现金或银行（第二类建筑项目）发放基本工资，每月底考核一次，每月考核绩效奖将于农民工离岗前或年底12月31日前进行一次性总考核结算后，由建筑企业通过现金或银行发放给农民工本人。建筑企业每个月向工程所在地税务局，就发放或预提农民工的基本工资通过个税申报系统进行全员全额零申报农民工个人所得税。当农民工离开建筑企业或年底12月31日前离开建筑企业前，建筑企业将农民工的绩效考核奖一次性发给农民工本人。该绩效奖直接用农民工本签字按手印的支付明细单入项目成本，不申报个人所得税。理由分析如下：
　　财税[2018]164号规定居民个人取得全年一次性奖金，符合国税发〔2005〕9号规定的，在2021年12月31日前，不并入当年综合所得，也可以选择并入当年综合所得计算纳税。自2022年1月1日起，居民个人取得全年一次性奖金，应并入当年综合所得计算缴纳个人所得税。如果不并入当年综合所得计税纳税，则以全年一次性奖金收入除以12个月得到的数额，按照本通知所附按月换算后的综合所得税率表（以下简称月度税率表），确定适用税率和速算扣除数，单独计算纳税。计算公式为：
　　应纳税额＝全年一次性奖金收入×适用税率－速算扣除数
　　因此，自2022年1月1日起，居民（农民工）个人取得全年一次性奖金（年度绩效考核奖），必须并入当年综合所得计算缴纳个人所得税，不能不并入当年综合所得计税纳税。
　　财政部 税务总局公告2019年第94号和税务总局公告2019年第44号规定，2019年1月1日至2020年12月31日居民个人取得的综合所得，年度综合所得收入不超过12万元且需要汇算清缴补税的，或者年度汇算清缴补税金额不超过400元的，居民个人可免于办理个人所得税综合所得汇算清缴。居民个人取得综合所得时存在扣缴义务人未依法预扣预缴税款的情形除外。
　　因此，在2019年度、2020年度的两年之内，只要建筑企业每月给农民工全员全额预扣预缴申报农民工个人所得税的情况下，由于建筑企业支付给农民工的绩效考核奖没有申报个人所得税，所以农民工一个年度内预缴的个人所得税小于应纳个人所得税，应办理个税汇算清缴补税。但是农民工年度综合所得收入不超过12万元（实际工作中，农民以年工作时间不到12个月，肯定年工资薪金综合所得小于12万元），在2019年度和20120年度符合“免于办理个人所得税综合所得汇算清缴”的条件：年度综合所得收入不超过12万元且需要汇算清缴补税。
　　例如，某建筑劳务公司承包一工程劳务项目，聘请100位农民工工作，劳务公司与100位农民工签订了“以完成一定工作任务的期限”的劳动合同，时间是2019年2月1日—2019年11月30日，实行日工资制，每日工资300元（每日基本工资200元，每日绩效考核奖100元），每月实际工作天数为25天，工作时间为10个月，则每月发放农民工工资5000元，在工程所在第税务局通过个税申报系统零申报个人所得税0元，每月绩效奖2500元到农民工离开或年底结算清楚，一次性给予农民工本人。由于一次性支付农民工本人的每人绩效奖为25000元（10个月×2500），劳务公司不申报个税，用支付明细列入成本。农民工一年收入75000元小于120000元，收到绩效奖25000元，劳务公司没有申报个税，依法要进行个人所得税汇算清缴！但是在2019年度和20120年度符合“免于办理个人所得税综合所得汇算清缴”的条件：年度综合所得收入不超过12万元且需要汇算清缴补税。
　　因此，建筑企业农民工免于办理或无须办理个人所得税综合所得汇算清缴必须同时具备以下三个条件：
　　个条件：建筑企业依法履行每月给农民工办理预扣预缴个人所得税；
　　第二个条件：建筑企业必须将农民工年度绩效奖并入当年工资薪金综合所得计算缴纳个人所得税；
　　第三个条件：建筑企业雇佣的农民工一年工资薪金综合所得收入不超过12万元。
　　3、农民工工资的财务处理
　　（1）会计核算凭证：由于设立农民工工资专用账户的建筑企业与农民工、班组长签订劳动合同构成劳动关系，所以建筑企业总承包方以农民工本人签字按手印的每月的“农民工工资表”、“农民工工时考勤表”、身份证复印件和盖有银行章的农民工工资专用账户发放农民工工资的银行付款清单，作为会计核算凭证。
　　(2)农民工工资成本的会计核算。农民工的工资在建筑企业的“应付职工薪酬”会计科目中进行成本核算。账务处理为：借：工程施工——合同成本（项目部人工费用），贷：应付职工薪酬——应付农民工工资。支付时：借：应付职工薪酬——应付农民工工资，贷：银行存款——农民工工资专用账户支付农民工工资。
　　肖太寿财税工作室温馨提示：由于“应付职工薪酬”列支的农民工工资会涉及到工会经费和残保基金的缴纳成本，所以建议财务上发生的农民工工资的会计核算不要通过“应付职工薪酬”科目核算，直接入“工程施工——合同成本（人工费用）”。

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