根据《税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》（国税发〔2008〕28号）规定，居民企业在中国境内跨地区（指跨省、自治区、直辖市和计划单列市）设立不具有法人资格的营业机构、场所（以下简称分支机构）的，该居民企业为汇总纳税企业（以下简称企业），企业实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的企业所得税征管办法。其中汇总清算，是指在年度终了后，总机构负责进行企业所得税的年度汇算清缴，统一计算企业的年度应纳所得税额，抵减总机构、分支机构当年已就地分期预缴的企业所得税款后，多退少补税款。因此，总机构在年度终了后5个月内，应依照法律、法规和其他有关规定进行汇总纳税企业的所得税年度汇算清缴，各分支机构不进行企业所得税汇算清缴。
　　统一计算收入和费用
　　总分机构在进行汇算清缴时，应将总分机构视为一个企业法人，法人单位之内各机构之间发生的收入、成本、费用往来，税务上不确认收入和成本费用。其税法依据如下：企业所得税法实施条例第四十九条规定，企业之间支付的管理费、企业内营业机构之间支付的租金和特许权使用费，以及非银行企业内营业机构之间支付的利息，不得扣除。《税务总局关于企业处置资产所得税处理问题的通知》（国税函〔2008〕828号）条规定，企业发生的处置资产，除将资产转移至境外以外，由于资产所有权属在形式和实质上均不发生改变，可作为内部处置资产，不视同销售确认收入，相关资产的计税基础延续计算。因此，笔者认为，汇算清缴时，总分机构内部发生的收入，不按销售处理，销售价格不公允也不需要调整。在计算总分机构总的广告费、业务宣传费和业务招待费扣除限额时，应按扣除内部往来后的收入为基数计算。同时，总分机构应执行统一的税收管理制度，按汇算清缴总机构所在地税务机关管理要求办理税务事宜，如各项备案、减免税审批等。还应执行统一的会计制度和会计处理方法，如资产折旧摊销时间、准备金制度等，但当地有特别规定的除外，如社保缴纳、工资更低标准等。在计算捐赠限额时，按合并后的会计利润总额计算。但根据规定，境外营业机构的亏损不得抵减境内营业机构的盈利。
　　预缴税款分配计算方法
　　一般情况下，总分机构应按照企业适用统一的优惠政策和税率计算并缴纳企业所得税。但如总分机构之间有执行过渡期税收优惠政策的，可按不同税率计算。《税务总局关于跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理若干问题的通知》（国税函〔2009〕221号）规定，预缴时，总机构和分支机构处于不同税率地区的，先由总机构统一计算全部应纳税所得额，然后按照国税发〔2008〕28号文件第十九条规定的比例和第二十三条规定的三因素及其权重，计算划分不同税率地区机构的应纳税所得额，再分别按各自的适用税率计算应纳税额后加总计算出企业的应纳所得税总额。再按照国税发〔2008〕28号文件第十九条规定的比例和第二十三条规定的三因素及其权重，向总机构和分支机构分摊就地预缴的企业所得税款。
　　例如，某总分机构企业计算2011年某季度累计实现利润额为200万元，下属三个跨省市设立的二级非法人分支机构，总机构适用25%的税率。税款分配及其年度三项指标如下：分支机构合计经营收入总额为2000万元、工资总额为100万元，资产总额为1500万元。对应三项指标基数分别为，机构一：收入800万元、工资50万元、资产500万元，税率12.5%；机构二：收入600万元、工资20万元、资产400万元，税率25%；机构三：收入600万元、工资30万元、资产600万元，税率24%。
　　，计算各分支机构分摊比例。机构一分摊比例为0.35×（800÷2000）＋0.35×（50÷100）＋0.30×（500÷1500）=0.415；机构二分摊比例为0.35×（600÷2000）＋0.35×（20÷100）＋0.30×（400÷1500）=0.255；机构三分摊比例为0.35×（600÷2000）＋0.35×（30÷100）＋0.30×（600÷1500）=0.33。
　　第二，计算总分机构应预缴税款。合计应纳税所得额200万元，根据国税发〔2008〕28号文件相关规定，总机构100万元，分支机构100万元。因此，各自按照分配所得额计算应纳税额。总机构为（200×50%）×25%=250000（元）；机构一为（100×0.415）×12.5%=51875（元）；机构二为（100×0.255）×25%=63750（元）；机构三为（100×0.33）×24%=79200（元），合计444825元。
　　第三，在计算合计预缴企业所得税444825元基础上，重新按总分机构分配比例划分预缴税款。其中总机构为444825×50%=222412.50（元）；机构一为444825×50%×0.415=92301.20（元）；机构二为444825×50%×0.255=56715.20（元）；机构三为444825×50%×0.33=73396.10（元）。
　　汇算清缴税款计算方法
　　国税函〔2009〕221号文件规定，汇算清缴时，企业年度应纳所得税额应按上述方法并采用各分支机构汇算清缴所属年度的三因素计算确定，不是按预缴的三因素基数计算分配比例。
　　例如，某深圳企业2011年度汇算清缴时总机构汇总全部应纳税所得额为100万元，总机构适用24%税率，三个分支机构适用的税率均为25%。2011年企业汇算清缴年度三因素数据为：为计算方便，假如收入总额、工资总额和资产总额均为50万元；分支机构一的三因素均为10万元；分支机构二的三因素均为15万元；分支机构三的三因素均为25万元。由此，计算三个分支机构的分配比例分别为20%、30%和50%。
　　汇算清缴时，先由总机构统一计算全部应纳税所得额，然后按照规定的三因素及其权重，计算划分不同税率地区机构的应纳税所得额。总机构应纳税所得额：100×50%=50（万元）；分支一应纳税所得额：50×20%=10（万元）；分支二应纳税所得额：50×30%=15（万元）；分支三应纳税所得额：50×50%=25（万元）。
　　再分别按各自的适用税率计算出企业的应纳所得税额。总机构应纳税额：50×24%=12（万元）；分支一应纳税额：10×25%=2.5（万元）；分支二应纳税额：15×25%=3.75（万元）；分支三应纳税额：25×25%=6.25（万元）。企业当年度汇算清缴合计应纳所得税额为：12+2.5+3.75+6.25=24.5（万元）。

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